Po smutných rocích farnosti bez vlastního kostela teprve zásadní proměna společenského klimatu po listopadu 1989 oživila plány a snahy místní farní obce k znovuvystavení kostela.  Základní kámen byl posvěcen papežem Janem Pavlem II. při jeho první návštěvě v Československu v dubnu 1990 a je osazen v čelní zdi kostela. Stavba současného chrámu probíhala v letech 1991-1993 podle návrhu polského architekta Jerzyho Pekaly. Na stavbě se podílelo velké množství dobrovolníků a brigádníků z obce i vzdálených míst Moravy, finanční prostředky byly získány ze sbírek a ThDr. Jaroslav Studený, za jehož duchovní správy stavba probíhala,  získal velkou část finančních zdrojů z darů farností v zahraničí. 

V roce 1993 byl v Křelově za účasti olomouckého arcibiskupa Jana Graubnera a papežského nuncia Giovanniho Coppy  vysvěcen nový kostel sv.Jiljí. Stal se tak  jednou z prvních církevních staveb  v olomouckém regionu po období komunizmu, kdy nové kostely opět mohly vyrůstat. Stal se tak symbolem naděje postkomunistické obnovy církve.

Loď je krytá sedlovitou střechou, v průčelí z ní vystupuje rizalitová hranolová věž. Konstrukce ze železobetonová s vyzdívkou, věž je železobetonový monolit. Pravoúhlý hlavní vstup zdobil původně ochoz pro muzikanty, vzhledem k zatékání byl ale po odstranění balustrády  zastřešen. Kostel je prosvětlen obdélnými okny, z východu přiléhá nízká přístavba se zvonicí. Na východním průčelí je umístěna socha sv.Josefa s dítětem.

Po 25 letech od dostavby řešíme stejné problémy se statikou, jako na tomto místě řešili několik set let naši předkové.  V roce 2008 byla provedena sanace severovýchodního ujíždějícího rohu betonovou mikropilotáží. Důkladná rekonstrukce slabých míst střechy, odstranění říms nad bočním vchodem, revize odvodnění žlabů a splaškové kanalizace, vyrovnání propadlých míst způsobujících zatékání dešťové vody do základů včetně rekonstrukce a nové vyspádování dlážděné plochy před hlavním vchodem v roce 2017 by měla zabránit dalšímu zatékání do stavby a do základů. Praskliny v lodi jsou osazeny terči a další posun je monitorován. Přes oprávněnou kritiku projektu, jeho osazení i kvalitu stavebních prací jsou křelovští rádi za svůj kostel. I když dnes už by ho stavěli rozhodně jinak…